Historia
De aldea autrigona a monasterio visigodo, villa con fuero propio y, hoy, uno de los municipios más pequeños de Burgos.
Antes de Roma
Antes de la llegada de los romanos, estas tierras del Alto Ebro estaban habitadas por los autrigones, uno de los pueblos prerromanos del norte de la península. El meandro, protegido por el peñón y la sierra, era un lugar favorable para vivir.
Eremitas, monjes y repoblación
En la alta Edad Media, eremitas ocuparon las cuevas abiertas bajo el actual caserío, como el Covanuto y la Cueva Grande. Muy cerca se levantó el monasterio de San Juan de la Hoz, de origen visigodo, que fue clave durante la repoblación y mantuvo una estrecha relación con el monasterio de San Salvador de Oña. De esa época es también la necrópolis con tumbas talladas en la roca.
La tradición une además a Cillaperlata con los primeros pasos de la Reconquista: la batalla del Negro Día, en el paraje de Encinillas, y la llegada de la talla de la Virgen de Covadonga.
El fuero y el pueblo de dos barrios
Cillaperlata tuvo fuero propio en la Edad Media. Durante siglos el pueblo tuvo dos barrios; el de Arriba, también llamado La Revilla, quedó despoblado a finales del siglo XIX.
El municipio hoy
Con la caída del Antiguo Régimen se constituyó como ayuntamiento constitucional, entonces en el partido de Briviesca. Hoy pertenece al partido judicial de Villarcayo, en la comarca de Las Merindades. Tiene unos 17 km² y una población que ronda los treinta vecinos, y forma parte del Parque Natural Montes Obarenes – San Zadornil.